Den nasjonale havnestrukturen er fastsatt gjennom politisk behandling av Nasjonal transportplan (NTP) og myndighetsutøvelse gjennom vedtak etter LOV 2009-04-17 nr 19: Lov om havner og farvann. Strukturen består i dag av fem utpekte havner, 32 stamnettshavner og resten betegnes lokale havner, fiskerihavner, fritidsbåthavner eller lignende.
Næringslivets krav til sjøtransport i dør-til-dør transportkjeder er i endring, og drives blant annet av behov for å redusere kostnader og ledetid. Samtidig settes det strengere krav til sikkerhet og sporbarhet av gods.
Den nasjonale havnestrukturen legger føringer for statlig engasjement og framtidige statlige investeringer i sjøverts og landverts infrastruktur.
Nasjonal havnestruktur uttrykkes i flere nivå eller kategorier:
Utpekte havner
I regjeringens transportpolitikk i Nasjonal transportplan er noen få havner identifisert som viktige intermodale knutepunkt for nasjonal og internasjonal gods- og passasjertransport. Nasjonal transportplan er den strategiske planen for den samlede transportpolitikken og utvikling av den statlige infrastrukturen for alle transportformer.
Havne- og farvannsloven skal blant annet bidra til å nå målsetningene nedfelt i transportplanen. Loven gir departementet hjemmel til å utpeke havner som er særlig viktige for å utvikle effektiv og sikker sjøtransport for personer og gods, jf. § 46. Det vil være havner som staten vil ha spesiell interesse av å følge opp som knutepunkt i det nasjonale og internasjonale transportnettet. Bestemmelsen gir departementet hjemmel til å stille krav og sette vilkår til utpekte havner som er sentrale for å realisere nasjonale mål i transportpolitikken, herunder bestemmelser om organisering, eierskap, samarbeid med andre havner og krav til representasjon i havnens styrende organer jf § 46 første ledd.
Det følger av bestemmelsen at ved vurderingen av om en havn skal utpekes skal det legges vekt på omfanget av virksomheten i havnen og de havne- og transporttjenestene som tilbys, herunder godsvolum, organisering og samarbeid med andre havner, samt havnens samfunnsmessige betydning. Fiskeri- og kystdepartementet legger til grunn at prosessen knyttet til Nasjonal transportplan eller tilsvarende planprosesser vil legge sentrale premisser for arbeidet med å peke ut havner og de krav som departementet stiller til slike havner.
Disse havnene skal ha en standard og et godsvolum som gir regulære og hyppige anløp av skip for stykkgods og containere. De nasjonale havnene må i tillegg integreres i regionale transportstrukturer som legger til rette for rasjonelle og kostnadseffektive transportløsninger for næringslivet.
Fiskeri- og kystdepartementet har gjennom enkelvedtak utpekt havnene Oslo havn KF, Kristiansand havn KF, Stavangerregionen havn IKS, Bergen og omland havn og Tromsø havn KF som særlig viktig for å utvikle effektiv og g sikker sjøtransport av personer og gods.
Stamnettshavner
Gode tilknytningsveger til havnene, og sikre og effektive farleder er en forutsetning. Infrastrukturen rundt større terminaler er viktig for å få gods ut i landet på en effektiv måte. Regjeringen har i Nasjonal transportplan definert 32 stamnetthavner, hvorav god landverts tilknytning er viktig for 25, mens de resterende syv er sjø-sjøbaserte terminaler. Disse havnene er knyttet opp til stamleden som går langs kysten fra Svinesund til grensen mot Russland. Hvilke havner som inngår i et nasjonalt transportnett og således defineres som stamnettshavner fremgår av farledsforskriften
Øvrige havner
Dette nivået innbefatter alle andre havner, og disse vil primært ha som oppgave å betjene lokalsamfunn og stedlig næringsliv.