Kystdirektoratet ble etablert i 1974, som en fusjon av Fyr-, Los-, og Havnedirektoratet. Fra 1981 ble begrepet Kystverket innført da distriktsorganisasjonen ble bygd ut med regionale distriktskontor i Arendal, Haugesund, Ålesund, Kabelvåg og Honningsvåg. Kystverket betegner etaten i sin helhet, mens Kystdirektoratet var den ledende enheten, direkte underlagt Fiskeridepartementet.

Ved en omorganisering i 2002 ble direktoratet flyttet fra Oslo til Ålesund. Distriktskontorene fikk spesialansvarsområder, som utgjør kompetansesentra for ulike fagområder innad i etaten. Kystverket Produksjon (Kabelvåg) og Kystverket Rederi (Ålesund) ble skilt ut som egne enheter.

Beredskapsavdeling for akutt forurensning, som tidligere hørte til SFT (Statens Forurensningstilsyn), ble i 2003 også innlemmet i Kystverket. Den er organisert som en direktoratsavdeling og ligger i Horten.

I 2007 gikk man vekk fra benevnelsen Kystdirektoratet. I stedet heter det nå Kystverkets hovedkontor. Samtidig ble distriktene endret til regioner.

Kystverket er altså en ung etat, men har lange tradisjoner gjennom sine forløpere.
Nedenfor følger en kortfattet historikk fra Fyr- og merkevesenet, Losvesenet og Havnevesenet.

• Fyr- og merkevesenet
  De eldste navigasjonshjelpemidlene her i landet var trolig basert på landskapsformasjoner. Imidlertid vet vi at det tidlig ble bygd sjømerker og satt ut staker for å vise farleder, så vel som å markere grunner.
  
  Første gang vi hører om et konkret sjømerke skriver seg til sagatiden; i år 869 bygde Floke en varde, som senere ble kjent under navnet Ryvarden (Hordaland). Mer sikre kilder på sjømerking av kysten får vi først på 1600-tallet. Da fikk vi dessuten den første kimen til fyrbelysning i landet – i det Lindesnes fyrstasjon ble tent i 1656. Etter to sesongers drift ble fyret slukket.
  
  Først i 1725 dukket Lindesnes fyr opp igjen, men i mellomtiden var det tent fyrlys flere andre steder langs kysten. Både på Færder (1697), Kvitsøy (1700) og Høgevarde (1700). Samtlige ble drevet av private, basert på privilegier.
  
  Det offentlige løste etter hvert inn privilegiene, men det skulle ta tid før vi fikk en organisert utbygging av fyrvesenet. Ved oppløsningen av unionen med Danmark i 1814, fantes det kun 10 fyrstasjoner i Norge. Opplysninger vi har fra de første fyrinstallasjonene i landet er noe usikre, men vi har grunn til å tro at det dreide seg om alt fra åpne bål direkte på fjellet, til fyrgryter som i noen tilfelle ble heist opp i en vippe – fyrvippe. Som brensel ble kull og torv benyttet.
  
  Fyrdirektoratet
  Fra 1821 ble det mer aktivitet i det norske fyrvesenet, som ble lagt inn under Kanal- og Havneinspektøren. To år senere ble embete kalt Kanal-, Havne- og Fyrinspektøren. Det ble utarbeidet grundige planer for hvordan hele kysten skulle bygges ut med fyrstasjoner, og i 1841 ble Fyrdirektoratet opprettet.
  
  I de påfølgende tiårene ble det gjennomført enorme byggeprosjekter over store deler av landet, som mangler sidestykke i norsk historie. I en 40-års periode ble det bygget over 100 bemannede fyrstasjoner.
  
  Byggingen av fyrtårn ble gjort i stadige nye teknikker og med forbedret materiale. Etter at stein lenge hadde dominert, stod det første støpjernstårnet ferdig på Egerøy i 1854. Senere ble sement og betong tatt i brukt, og mer robust materiale førte til at man kunne bygge fyranlegg på mer utsatte og værharde steder.
  
  Kvaliteten på fyrbelysningen ble jevnt og trutt forbedret. Ettere at kull var en saga blott fra 1858, overtok parafinolje, og senere petroliumpetroleum som brensel. Lyseffekten ble sterkere og mer stabil, dessuten begynte man med en systematisk skjerming av fyrlyktene. Klippapparat og Lynblinkapparat ble tatt i bruk, og i 1897 kunne det første elektriske fyr tennes på Ryvingen fyrstasjon 
  
  Fyr uten fast tilsyn
  Mot slutten av 1800-tallet ble færre fyrstasjoner reist, til fordel for en teknologisk nyvinning som muliggjorde fyrbelysning uten fast tilsyn. I 1883 var den såkalte gassoljebrenneren en realitet, og på den måten kunne betydelig større deler av kysten belegges med fyrlys. Foruten arbeidet med fyrbelysning, ble et stort antall sjømerker og andre navigasjonsinstallasjoner anlagt.
  
  Fyr- og merkevesenet møtte det tjuende århundre som en sterk og velorganisert virksomhet. Tross kontinuerlige utvikling på den operative siden, levde etaten administrativt nærmest uforandret frem til den store fusjonen i 1974.
  
  
•  Havnevesenet
  De første bestemmelser om havnevirksomhet stammer helt fra Magnus Lagabøters landslov fra 1274. Disse er svært tilfeldige, og har hatt liten relevans for utviklingen av havnevesenet i Norge. Det mest bemerkelsesverdige er en passasje som kommenterer forurensning i havnene; der det fremgår en bevissthet om miljøtiltak, og regler for å hindre forurensning i havneområdene - over 700 år før bBeredskapsavdelingen for akutt forurensning ble innlemmet i Kystverket.
  
  En milepæl i fremveksten av organiserte fortøynings- og havneforhold var utplassering av fortøyningsringer i statlig regi. Grunneiere eller institusjoner fikk privilegium til kreve en fastsatt avgift for bruken av fortøyninger, mot at de etablerte og vedlikeholdt disse i tråd med Kongens retningslinjer. Det første fortøyningsprivilegium som ble gitt her i landet var i 1602
  
  De første havnekommisjonene
  Imidlertid var det Kongelig forordning av 16. september 1735, som skulle vise seg å være den avgjørende faktor for at Norge skulle få et organisert havnevesen. Den slo fast at hvert kjøpested skulle ha sin egen Havnekommisjon, som skulle ta seg av den administrative styringen av havnen. Kommisjonen skulle foruten Havnefogden bestå av stedets magistrat eller byfogd, losoldermann og en borger. En viktig oppgave var å forhindre forfall i havnen – påse at fortøyningsringer var intakte, og iverksette mudring etter behov. Havnefogden rapporterte til Stadtholderen, som i sin tur forholdt seg til admiralitetet i København.
  
  Etter at Norge skilte lag med Danmark i 1814 ble det oppnevnt en Kanal- og havneinspektør for hele landet, og som vi har sett ble også fyr- og merketjenesten innlemmet under dette embete fra 1821. Imidlertid ble sammenslutningen splittet i 1841, og to nye etater så dagens lys. Kanal- og havnedirektoratet, og som nevnt et Fyrdirktoratet. Dette var for øvrig første gang at direktørtittelen ble tatt brukt i den norsk-danske sentraladministrasjon.
  
  Fra inspektør til direktør
  Tittelendringen fra inspektør til direktør var ikke ment å skulle endre noe dramatisk ved institusjonenes oppgaver, men først og fremst bidra til et avansement i status og embedsrang. I tiden som fulgte kan man imidlertid se at de nyopprettede direktoratene opererte mer uavhengig av fagdepartementet, som på den tiden var Marinedepartementet.
  
  Kanal- og havnedirektoratet ble en kort affære, og kun fem år etter opprettelsen ble nok en splittelse et faktum. Embetet ble delt på en Kanaldirektør og en Havnedirektør. Havnedirektoratet slet for å overleve. Problemene bestod blant annet i at både Kanal og Fyrvesenet hadde overtatt en del av de tradisjonelle havneoppgavene, samt at en del av de gjenværende ansvarsområdene ble oppfattet som mindre betydelige. For eksempel trodde man på den tiden at mudring og utdypingsarbeider, for å gjøre seilskipene mer uavhengige av vindretningen, ikke ville bli like aktuell i en tid der dampskipstrafikken var på full fart frem. For å legitimere sin virksomhet ble Havnedirektøren instruksmessig forpliktet til å rette sin virksomhet mot nye prosjekter, og gjennombruddet kom.
  
  Fiskerihavnene bygges ut
  I budsjettforslaget for 1868/69 avga Havnedirektøren en programerklæring om at havner som var til nytte for fisket burde prioriteres. Dette ble sett på som en offensiv og fornuftig dreining. Riktignok innebar dette store utfordringer med hensyn på geografiske forflytninger, da majoriteten av anleggsarbeidene ble flyttet nordover, og de naturgitte forhold var vesentlig hardere enn i sør. Samlet medførte dette at den økonomiske belastningen ble betydelig større, men da ideene etter hvert ble iverksatt, var nettopp dette med på å gjøre havnevesenet i Norge til en stor og slagkraftig virksomhet.
  
  Nasjonen opplevde fra 1850-tallet en solid periode med høykonjunktur, som muligjorde et kraftig løft for offentlig satsing på utbygging av infrastruktur. Den økonomiske veksten kuliminerte på 1880-tallet, men da var Havnevesenets stilling godt etablert. Slik ble en viktig brikke lagt for å utvikle fiskerinæringen i Norge. Opprettelsen av Havnefondet i 1874, som var øremerket utbygging av fiskerihavner må i denne sammenheng nevnes. Med dette grunnlaget var Statens havnevesen kjernevirksomhet de neste hundre årene lagt.
  
  
• Losvesenet
  De første bestemmelsene om losvirksomhet stammer også fra Magnus Lagabøters by- og landslover fra slutten av 1200-tallet. Dessuten foreligger en del konglige retterbøter som kommenterer losenes rettigheter og plikter. Allikevel er det først etter den nordiske krig, som herjet tidlig i det attende århundre, at et organisert losvesen vokste frem.
  
  Etter ti 10 år i krigstjeneste i flåten, blant annet under Tordenskjolds ledelse, fikk Gabriel Christiansen aksept for å tufte et selvstendig losvesen i Norge. Han skrev til regjeringen i København om de dårlige losforholdene i Norge, og ga en utførlig beskrivelse av hvordan han mente problemene med losingen burde løses. Blant annet vil han tilsette kongelige loser som skulle grundig eksamineres, og avlegge ed for å få sin lospatent. Christensens forslag ble i hovedsak akseptert og den første norske losforordning forelå i 1720. Etter 5 år forelå en revidert forordning - konklusjonen var en anerkjennelse av den nye institusjonen; Losvesenet var kommet for å bli.
  
  Konkurranselosing
  Til tross for at losvesenet ble organisert i statlig regi, ble ikke betingelsene for de enkelte losene særlig bedret. De var i en viss forstand selvstendige næringsdrivende, som konkurrerte om oppdragene – den som ”kapret” innkommende skip først fikk losoppdraget. Slik var losene selv ansvarlig for sin egen inntekt, mens det offentlige fastsatte regler, gebyrer og sertifiserte losene. ”Utdanningen” måtte de selv stå for, og ofte var losene selvlærte. Farvannskunnskapen ble ervervet gjennom egen erfaring, så vel som overføring innad i familier. Losyrket gikk nemlig ofte i arv ved at sønn fulgte far i tjenesten Slik ble losvirksomheten drevet, uten betydelige endringer frem mot slutten av det nittende århundre.
  
  Losing til felles kasse
  Assosiasjonsånda som bredte seg i landet de siste tiårene 1800-tallet, nådde også losvesenet. Det ble organisert losmøter, som resulterte i at Færderlosenes forening ble stiftet i 1889. Deres fanesak var å revidere losloven, slik at konkurranselosingen ble myket opp ved å innføre losing til felles kasse. Etter 10 års kamp kom gjennombruddet – felleskasseprinsippet fikk aksept. Dette innebar at losene samarbeidet om vakthold, skøytedrift og delte fortjenesten innad i loskretsen. 
  
  Det tok tid før felleslosningen gjorde seg gjeldene over hele landet, men i 1925 var prinsippet innført. Først i 1948 ble Losdirektoratet opprettet, og losene ble statstjenestemenn. Ytterligere år gikk det før Staten tok over eiendomsretten til losbåtene, og offentlige losbåtførere ble ansatt. Ikke før i 1980 fikk losene sin betaling gjennom regulativlønn.